Donde hoy se ubica el colegio, inicialmente había sido diseñada para el Seminario Menor, pero debido a la escasez de estudiantes para dicha institución, Monseñor Baltasar Álvarez Restrepo ofreció al Ministerio de Educación el plantel, para que el gobierno se encargara de su dotación y sostenimiento y proporcionara educación a los estudiantes de medianos y escasos recursos económicos. Esta propuesta fue aceptada y nació así el Colegio Seminario Popular Diocesano.

En 1986, la educación tradicional que se había implementado en el colegio desaparece para dar paso a la educación personalizada, gestión promovida por el Rector Pbro. Aníbal Hurtado Hurtado, cuyos principios fundamentales fueron: la singularidad, la autonomía, la apertura y la trascendencia.

En el año 1992 se abrió la jornada de la tarde, pero rápidamente sucumbió ante la escasez de recursos por parte de la administración del municipio de Dosquebradas; los padres de familia descontentos con la decisión, lideraron un proyecto en compañía del padre Rector Aníbal Hurtado Hurtado, pero de carácter privado.

Monseñor Darío Castrillón Hoyos, acogió la idea con gusto y encargó al presbítero Rigoberto Corredor Bermúdez, de la gestión requerida para dar inicio al nuevo proyecto que tomaría el nombre de Monseñor Baltasar Álvarez Restrepo.

En noviembre de 1992 se presentó el proyecto a la Secretaría de Educación Departamental, y en enero 25 de 1993 se obtuvo el permiso, firmado por la Doctora, Rubiela Naranjo de Quiroz, donde se autorizaba la apertura de matrículas.

El 8 de febrero de 1993 se dio inició al año escolar con un grado sexto, un séptimo y un octavo, con un total de 180 estudiantes. El 19 de julio de 1993 se obtuvo la licencia de funcionamiento departamental mediante resolución Nº 379.

La jornada en la mañana se da en el año 2004, teniendo como licencia de funcionamiento municipal con la resolución Nº 175. El colegio es de carácter mixto tomando su nombre del primer obispo de la Diócesis de Pereira, hombre comprometido con la pastoral educativa y gran amor a los pobres.